محمد الثالث بن مراد الثالث بن سليم الثاني هو الخليفة العثماني الثالث عشر، عاش بين عامي 974 هـ/1566 و1012 هـ/1603 م، وأمسك زمام الحكم عام 1595، كان شاعرا. هو ابن جارية بندقية الأصل، اشتراها السلطان مراد واصطفاها لنفسه وكانت ذات أثر كبير في السياسة.
قاد الجيش بنفسه وانتصر على المجر والنمسا في موقعة كرزت عام 1005 هـ. قام تمرد في أيامه في الأناضول أثاره جنود هاربون من معركة كرزت كانت الدولة قد نفتهم إلى الأناضول، فحاصرتهم الجيوش العثمانية، فاستسلم قائدهم مقابل أن يصبح واليا على أماسيا فوافق الخليفة إلا أنه عاد وقام بثورة جديدة فقتل رئيس المتمردين وتولى أخوه من بعده قيادة الثورة، فأعطي ولاية البوسنة.
قامت ثورة أخرى هي ثورة الخيالة (السباه) في إستانبول فاستعانت الدولة بالإنكشارية لتقضي على الثورة وقضت عليها بالفعل بعد أن أفسدوا ونهبوا المساجد وغيرها مما وصلت أيديهم إليها. توفي عام 1012 هـ.